У 25-м столітті лютий вірус знищив велику частину людства, а тих что залишилися в живих примусив ізолюватися в одному-єдиному місті, захищеному спеціальним куполом. Саме там діє таємничий агент Еон Флюкс, мотиви якого нез'ясовані, а головною метою є видний політичний діяч.