Фільм є прямим продовженням серіалу – і ще більше відступає від манги-орігіналу. Тут зберігається драматизм «Сталевого Алхіміка», а сюжет як і раніше пов'язаний з проблемою вибору і плати за цей вибір. Але якщо в серіалі брати Ельріки шукали філософський камінь, щоб виправити свої помилки, то тепер пошуками зайнятий лише Едвард, розлучений з молодшим братом.

Альфонс повернув собі тіло, але втратив пам'ять. Еда, що пройшов через Браму, викинуло в паралельній реальності, схожій на нашу. Це Німеччина, двадцяті роки ХХ-го століття, і націонал-соціалістична партія набирає силу. Алхімія даремна, тому Едварду доводиться використовувати протези. Його прихистив молодий винахідник, дуже схожий на його брата. Це не єдиний двійник – Еду зустрічаються багато «знайомих» з світу «Сталевого Алхіміка», що живуть схожими і в той же час іншими долями.

Едвард намагається знайти дорогу назад, додому, і намагається знов відкрити Браму. А в цей час «алхіміки» з суспільства Тулі хочуть допомогти Гітлеру захопити владу за допомогою сили з іншого світу – таємничої Шамбали...